summaryrefslogtreecommitdiff
path: root/tests/lexers/bugs/example.txt
diff options
context:
space:
mode:
Diffstat (limited to 'tests/lexers/bugs/example.txt')
-rw-r--r--tests/lexers/bugs/example.txt655
1 files changed, 655 insertions, 0 deletions
diff --git a/tests/lexers/bugs/example.txt b/tests/lexers/bugs/example.txt
new file mode 100644
index 00000000..83c3c553
--- /dev/null
+++ b/tests/lexers/bugs/example.txt
@@ -0,0 +1,655 @@
+---input---
+# Alligators: multinomial - logistic regression
+# http://www.openbugs.info/Examples/Aligators.html
+model {
+ # PRIORS
+ alpha[1] <- 0; # zero contrast for baseline food
+ for (k in 2 : K) {
+ alpha[k] ~ dnorm(0, 0.00001) # vague priors
+ }
+ # Loop around lakes:
+ for (k in 1 : K){
+ beta[1, k] <- 0
+ } # corner-point contrast with first lake
+ for (i in 2 : I) {
+ beta[i, 1] <- 0 ; # zero contrast for baseline food
+ for (k in 2 : K){
+ beta[i, k] ~ dnorm(0, 0.00001) # vague priors
+ }
+ }
+ # Loop around sizes:
+ for (k in 1 : K){
+ gamma[1, k] <- 0 # corner-point contrast with first size
+ }
+ for (j in 2 : J) {
+ gamma[j, 1] <- 0 ; # zero contrast for baseline food
+ for ( k in 2 : K){
+ gamma[j, k] ~ dnorm(0, 0.00001) # vague priors
+ }
+ }
+
+ # LIKELIHOOD
+ for (i in 1 : I) { # loop around lakes
+ for (j in 1 : J) { # loop around sizes
+
+ # Fit standard Poisson regressions relative to baseline
+ lambda[i, j] ~ dflat() # vague priors
+ for (k in 1 : K) { # loop around foods
+ X[i, j, k] ~ dpois(mu[i, j, k])
+ log(mu[i, j, k]) <- lambda[i, j] + alpha[k] + beta[i, k] + gamma[j, k]
+ culmative.X[i, j, k] <- culmative(X[i, j, k], X[i, j, k])
+ }
+ }
+ }
+
+ # TRANSFORM OUTPUT TO ENABLE COMPARISON
+ # WITH AGRESTI'S RESULTS
+ for (k in 1 : K) { # loop around foods
+ for (i in 1 : I) { # loop around lakes
+ b[i, k] <- beta[i, k] - mean(beta[, k]); # sum to zero constraint
+ }
+ for (j in 1 : J) { # loop around sizes
+ g[j, k] <- gamma[j, k] - mean(gamma[, k]); # sum to zero constraint
+ }
+ }
+}
+
+---tokens---
+'# Alligators: multinomial - logistic regression ' Comment.Single
+'\n' Text
+
+'# http://www.openbugs.info/Examples/Aligators.html' Comment.Single
+'\n' Text
+
+'model' Keyword.Namespace
+' ' Text
+'{' Punctuation
+'\n ' Text
+'# PRIORS ' Comment.Single
+'\n ' Text
+'alpha' Name
+'[' Punctuation
+'1' Literal.Number
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'0' Literal.Number
+';' Punctuation
+' ' Text
+'# zero contrast for baseline food' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'2' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'alpha' Name
+'[' Punctuation
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'~' Operator
+' ' Text
+'dnorm' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'0' Literal.Number
+',' Punctuation
+' ' Text
+'0.00001' Literal.Number
+')' Punctuation
+' ' Text
+'# vague priors' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+' \n ' Text
+'# Loop around lakes:' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+'1' Literal.Number
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'0' Literal.Number
+' \n ' Text
+'}' Punctuation
+' ' Text
+'# corner-point contrast with first lake ' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'i' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'2' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'I' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'0' Literal.Number
+' ' Text
+';' Punctuation
+' ' Text
+'# zero contrast for baseline food' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'2' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'~' Operator
+' ' Text
+'dnorm' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'0' Literal.Number
+',' Punctuation
+' ' Text
+'0.00001' Literal.Number
+')' Punctuation
+' ' Text
+'# vague priors' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+' \n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n ' Text
+'# Loop around sizes:' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+'1' Literal.Number
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'0' Literal.Number
+' ' Text
+'# corner-point contrast with first size ' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+' \n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'j' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'2' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'J' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'0' Literal.Number
+' ' Text
+';' Punctuation
+' ' Text
+'# zero contrast for baseline food' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'2' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+'{' Punctuation
+' \n ' Text
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'~' Operator
+' ' Text
+'dnorm' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'0' Literal.Number
+',' Punctuation
+' ' Text
+'0.00001' Literal.Number
+')' Punctuation
+' ' Text
+'# vague priors' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+' \n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n\n ' Text
+'# LIKELIHOOD ' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'i' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'I' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around lakes' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'j' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'J' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around sizes' Comment.Single
+'\n\n ' Text
+'# Fit standard Poisson regressions relative to baseline' Comment.Single
+'\n ' Text
+'lambda' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'~' Operator
+' ' Text
+'dflat' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+')' Punctuation
+' ' Text
+'# vague priors ' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around foods' Comment.Single
+'\n ' Text
+'X' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'~' Operator
+' ' Text
+'dpois' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'mu' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+')' Punctuation
+'\n ' Text
+'log' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'mu' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+')' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'lambda' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'+' Operator
+' ' Text
+'alpha' Name
+'[' Punctuation
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'+' Operator
+' ' Text
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'+' Operator
+' ' Text
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+'\n ' Text
+'culmative.X' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'culmative' Name
+'(' Punctuation
+'X' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+',' Punctuation
+' ' Text
+'X' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+')' Punctuation
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n\n ' Text
+'# TRANSFORM OUTPUT TO ENABLE COMPARISON ' Comment.Single
+'\n ' Text
+"# WITH AGRESTI'S RESULTS" Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'k' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'K' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around foods' Comment.Single
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'i' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'I' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around lakes' Comment.Single
+'\n ' Text
+'b' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+'i' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'-' Operator
+' ' Text
+'mean' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'beta' Name
+'[' Punctuation
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+')' Punctuation
+';' Punctuation
+' ' Text
+'# sum to zero constraint' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n ' Text
+'for' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'(' Punctuation
+'j' Name
+' ' Text
+'in' Keyword.Reserved
+' ' Text
+'1' Literal.Number
+' ' Text
+':' Punctuation
+' ' Text
+'J' Name
+')' Punctuation
+' ' Text
+'{' Punctuation
+' ' Text
+'# loop around sizes' Comment.Single
+'\n ' Text
+'g' Name
+'[' Punctuation
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'<-' Operator
+' ' Text
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+'j' Name
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+' ' Text
+'-' Operator
+' ' Text
+'mean' Name.Builtin
+'(' Punctuation
+'gamma' Name
+'[' Punctuation
+',' Punctuation
+' ' Text
+'k' Name
+']' Punctuation
+')' Punctuation
+';' Punctuation
+' ' Text
+'# sum to zero constraint' Comment.Single
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n ' Text
+'}' Punctuation
+'\n' Text
+
+'}' Punctuation
+' \n' Text
View Lorry Controller Status